Strukturę organizacyjną Instytutu tworzą piony obejmujące komórki organizacyjne podległe:
- Dyrektorowi;
- Zastępcy Dyrektora ds. Medycznych;
- Zastępcy Dyrektora ds. Naukowych;
- Zastępcy Dyrektora ds. Finansowych;
- Zastępcy Dyrektora ds. Organizacyjnych.
1. Strukturę organizacyjną Instytutu stanowią:
- Zakłady lecznicze:
- „Państwowy Instytut Medyczny MSWiA” – w którym jest realizowana działalność lecznicza
w rodzaju stacjonarnych i całodobowych szpitalnych świadczeń zdrowotnych, w skład, którego wchodzą wszystkie komórki szpitalne (kliniki, oddziały, pododdziały, działy, zespoły, bloki operacyjne) z siedzibą w Warszawie, oraz pracownie z siedzibą w Warszawie przy ul. Wołoskiej 137,
- „Przychodnie specjalistyczne” – w których jest realizowana działalność lecznicza
w rodzaju ambulatoryjnych świadczeń zdrowotnych, w skład których wchodzą wszystkie komórki ambulatoryjne (poradnie i gabinety) z siedzibą na terenie województwa mazowieckiego,
2. Komórki: kliniczne, naukowe, techniczne, administracyjne i gospodarcze.