Przychodnią Wojskową w Kielcach zarządza Dyrektor.
Dyrektor Przychodni Wojskowej w Kielcach podlega Dyrektorowi Departamentu Wojskowej Służby Zdrowia- Szefowi Służby Zdrowia Wojska Polskiego.
Struktura organizacyjna Przychodni Wojskowej składa się z działów oraz wielo- i jednoosobowych stanowisk pracy, powołanych do realizacji określonych zadań.
Przy Przychodni Wojskowej działa rada społeczna, która jest organem inicjującym i opiniodawczym Ministra Obrony Narodowej oraz organem doradczym dyrektora.
